A Subsecretaria de Vigilância em Saúde (Subvs) compõe a estrutura da Secretaria de Estado da Saúde e realiza a coordenação das atividades de vigilância em saúde em todo estado. Tem por finalidade promover a integração e coordenação baseada na Política Nacional de Vigilância em Saúde de forma regionalizada por meio da gestão estratégica das ações correlatas à: imunização, vigilância epidemiológica de doenças transmissíveis e de agravos, doenças não transmissíveis e eventos de saúde pública, vigilância laboratorial, sanitária, saúde ambiental e de saúde do trabalhador.

É por meio de suas superintendências e gerências específicas que são realizadas as atividades desde o planejamento, coordenação e suas respectivas ações. Trabalhando de modo integrado, as superintendências e gerências vão em busca dos resultados esperados, tanto pelas peculiaridades da vigilância epidemiológica, como de imunização, vigilância sanitária de produtos, de serviços de saúde ambiental e também do trabalhador, assim como do laboratório Estadual de Saúde Pública (Lacen).