O programa de qualidade foi criado em 2000, com a missão de promover a saúde coletiva e o bem-estar social, por meio do controle da qualidade de produto e diagnóstico laboratorial. Atende rigorosos critérios de qualidade de normas nacionais e internacionais para lab. analiticos, tais como ISO ( International Organization for Standardization) e ABNT.

Toda a estrutura do Lacen se organiza em um sistema de gestão de qualidade, padronizando ações não só para as bancadas técnicas, mas também para os setores estruturais da unidade, como as áreas de coleta e recepção de amostras, centro de material e esterilização, além do setor responsável pela produção de reagentes, corantes e meios de cultura.

Muito além dos setores técnicos, o Lacen é formado por pessoas, que administram, realizam e cuidam da vigilância laboratorial em Goiás.