Consta no Decreto Estadual de nº 3.800 de 09 de junho de 1.992 a inclusão do Conselho Estadual de Saúde na estrutura organizacional da Secretaria de Saúde e Meio Ambiente. Entretanto, a primeira regulamentação do CES ocorreu em 05 de novembro do mesmo ano por meio da publicação do Decreto Estadual nº 3.887, o qual não definiu o CES como instância deliberativa.

Contudo, estabelecia competências para atuar na formulação da estratégia e no controle da execução da política estadual de saúde, inclusive nos aspectos econômicos e financeiros, a proposição de critérios para a definir padrões e parâmetros assistenciais, o acompanhamento e controle da atuação dos prestadores de serviços da área de saúde e orientar os Conselhos Municipais de Saúde nos casos em que a lei fosse omissa.

Quanto à composição do conselho, o decreto estabelece dez (10) representantes do segmento de gestores e prestadores de serviços, seis (06) representantes do segmento de profissionais de saúde e dez (10) representantes do segmento de usuários.

Outra característica estabelecida pelo decreto em tela foi a presidência “nata” do Secretário de Saúde e Meio Ambiente e a substituição do mesmo por representante da Secretaria de Saúde e Meio Ambiente.

Ainda, determinava que, ao término do mandato do Governador do Estado, todos os integrantes do CES estariam dispensados e que a organização e o funcionamento do conselho seriam aprovados pelo Secretário de Saúde e Meio Ambiente.

Na publicação da Lei nº 12.603 de 07 de abril de 1.995 que introduz alterações na estrutura organizacional básica da administração direta, a Secretaria de Saúde e Meio Ambiente passa a denominar-se Secretaria da Saúde e mantém o Conselho Estadual de Saúde.

Com a publicação do Decreto nº 4.566, de 09 de outubro de 1995, que reformula a regulamentação do Conselho Estadual de Saúde, fica estabelecido o seu poder deliberativo e que suas decisões sejam homologadas pelo Chefe do Poder Executivo. Entretanto, especifica que a composição do conselho seja de nove (09) representantes do segmento de gestores e prestadores de serviços de saúde, três (03) representantes do segmento de profissionais de saúde e dezoito (18) representantes do segmento de usuários. O decreto determinava que o mandato dos conselheiros extinguir-se-ia 30 (trinta) dias após o término do mandato do governador do Estado, quando seriam apresentados ao conselho, os novos conselheiros indicados pelas instituições e manteve a organização e o funcionamento do conselho submetidos à aprovação do Secretário da Saúde.

Posteriormente, a estrutura administrativa do Poder Executivo passou a ser definida pela Lei nº 13.456 de 16 de abril de 1.999 que manteve o CES na estrutura da Secretaria Estadual de Saúde de Goiás.

Em 28 de fevereiro de 2003 o CES passou a ser regulamentado pelo Decreto nº 5.727 que traz como novidade a democratização da escolha dos integrantes da Mesa Diretora do Conselho Estadual de Saúde de Goiás, inclusive do seu presidente, e define a paridade dos usuários em relação ao conjunto dos demais segmentos, nos termos da Lei federal no 8.142, de 28 de dezembro de 1990.

Entretanto, o Regimento Interno aprovado pelo plenário a partir do Decreto nº 5.727 especifica a paridade na forma da Resolução nº 333-CNS/2003, 50% (cinquenta por cento) de representações do segmento de usuários, 25% (vinte e cinco por cento) de representações do segmento de gestores e prestadores de serviços de saúde, públicos e privados, e 25% (vinte e cinco por cento) de representações do segmento de profissionais de saúde.

A estrutura administrativa do Poder Executivo passa a vigorar conforme a Lei Nº 16.272, de 30 de maio de 2008 e não inclui o Conselho Estadual de Saúde. Isso provocou reação dos integrantes do CES que obteve êxito, por meio da publicação da Lei nº 16.381 de 21 de novembro de 2008, na qual foi feita a devida inclusão e criou a Secretária-geral do Conselho Estadual de Saúde e o cargo de Gerente da Secretária-geral do Conselho Estadual de Saúde na estrutura do CES.