Consta no Decreto Estadual de nº 3.800 de 09 de junho de 1.992 a inclusão do Conselho Estadual de Saúde na estrutura organizacional da Secretaria de Saúde e Meio Ambiente. Entretanto, a primeira regulamentação do CES ocorreu em 05 de novembro do mesmo ano por meio da publicação do Decreto Estadual nº 3.887, o qual não definiu o CES como instância deliberativa.

Contudo, estabelecia competências para atuar na formulação da estratégia e no controle da execução da política estadual de saúde, inclusive nos aspectos econômicos e financeiros, a proposição de critérios para a definir padrões e parâmetros assistenciais, o acompanhamento e controle da atuação dos prestadores de serviços da área de saúde e orientar os Conselhos Municipais de Saúde nos casos em que a lei fosse omissa.

Quanto à composição do conselho o decreto estabelece dez (10) representantes do segmento de gestores e prestadores de serviços, seis (06) representantes do segmento de profissionais de saúde e dez (10) representantes do segmento de usuários.

Outra característica estabelecida pelo decreto em tela foi a presidência “nata” do Secretário de Saúde e Meio Ambiente e a substituição do mesmo por representante da Secretaria de Saúde e Meio Ambiente.

Ainda, determinava que, ao término do mandato do Governador do Estado, todos os integrantes do CES estariam dispensados e que a organização e o funcionamento do conselho seriam  aprovados pelo Secretário de Saúde e Meio Ambiente.

Na publicação da Lei nº 12.603 de 07 de abril de 1.995 que introduz alterações na estrutura organizacional básica da administração direta, a Secretaria de Saúde e Meio Ambiente passa a denominar-se Secretaria da Saúde e mantém o Conselho Estadual de Saúde.

Com a publicação do Decreto nº 4.566, de 09 de outubro de 1995, que reformula a regulamentação do Conselho Estadual de Saúde, fica estabelecido o seu poder deliberativo e que suas decisões sejam homologadas pelo Chefe do Poder Executivo. Entretanto, especifica que a composição do conselho seja de nove (09) representantes do segmento de gestores e prestadores de serviços de saúde, três (03) representantes do segmento de profissionais de saúde e dezoito (18) representantes do segmento de usuários. Determinava que o mandato dos conselheiros extinguir-se-ia 30 (trinta) dias após o término do mandato do governador do Estado, quando seriam apresentados, ao conselho, os novos conselheiros indicados pelas instituições e manteve a organização e o funcionamento do conselho submetidos à aprovação do Secretário da Saúde.

Posteriormente, a estrutura administrativa do Poder Executivo passou a ser definida pela Lei nº 13.456 de 16 de abril de 1.999 que manteve o CES na estrutura da Secretaria Estadual de Saúde de Goiás.

Em 28 de fevereiro de 2003 o CES passou a ser regulamentado pelo Decreto nº 5.727 que traz como novidade a democratização da escolha dos integrantes da Mesa Diretora do Conselho Estadual de Saúde de Goiás, inclusive do seu presidente, e define a paridade dos usuários em relação ao conjunto dos demais segmentos, nos termos da Lei federal no 8.142, de 28 de dezembro de 1990.

Entretanto, o Regimento Interno aprovado pelo plenário a partir do Decreto nº 5.727 especifica a paridade na forma da Resolução nº 333-CNS/2003, 50% (cinqüenta por cento) de representações do segmento de usuários, 25% (vinte e cinco por cento) de representações do segmento de gestores e prestadores de serviços de saúde, públicos e privados, e 25% (vinte e cinco por cento) de representações do segmento de profissionais de saúde.

A estrutura administrativa do Poder Executivo passa a vigorar conforme a Lei Nº 16.272, de 30 de Maio de 2008 e não inclui o Conselho Estadual de Saúde. Isso provocou reação dos integrantes do CES que obteve, por da publicação da Lei nº 16.381 de 21 de novembro de 2008, na qual foi feita a devida inclusão e criou a Secretaria-Geral do Conselho Estadual de Saúde e o cargo de Gerente da Secretaria-Geral do Conselho Estadual de Saúde na estrutura do CES.