Os Agrotóxicos possuem potencial risco à saúde e ao meio ambiente e sua fiscalização é uma atividade complexa. A legislação em Agrotóxicos estabelece que compete à Agrodefesa a fiscalização do comércio, uso, armazenamento, prestação de serviços, responsáveis técnicos, transporte interno e embalagens vazias. Para atender esta demanda, a Gerência de Fiscalização Vegetal desenvolveu, através da Coordenação de Agrotóxicos, o Sistema de Inteligência e Gestão Estadual de Agrotóxicos – SIGEA – para monitorar e fiscalizar as atividades que lhe compete, fortalecendo, assim, as boas práticas agrícolas. Desenvolveu, ainda, o Programa Agroativo, que é uma ferramenta de educação sanitária que facilita o cumprimento das normas para utilização de agrotóxicos nas propriedades rurais, identificando o Grau de Conformidade de seu uso.