A Agência Goiana de Defesa Agropecuária (Agrodefesa) foi criada em 2003, por meio da Lei nº 14.645. É uma autarquia dotada de personalidade jurídica de direito público interno com autonomia administrativa, financeira e patrimonial. A Agrodefesa é o órgão responsável pelo controle da sanidade animal e vegetal do Estado com o objetivo de incrementar as exportações do agronegócio goiano.

À Agência compete planejar, normatizar e executar as ações de defesa agropecuária do Estado em compatibilidade com as diretrizes da política agropecuária federal. E ainda promover estudos, planejamento e integrar as ações na área de sanidade, promover a capacitação, coordenar o registro e o credenciamento de estabelecimentos como abatedouros, laticínios, centrais de coletas de sêmen e embriões, empresas leiloeiras, feiras, rodeios e afins, estabelecimentos criadores, comerciais e industriais etc, entre outras competências.

A estrutura operacional mantém unidades locais de atenção veterinária e agronômica nos 236municípios do Estado, 12gerências regionais, 2postos fixos de fiscalização, 21 equpes móveis de fiscalização, 03 laboratórios de apoio  e Administração Central (diretoria, gerência e coordenações).

Antes, a atividade de defesa agropecuária era executada pela Secretaria de Agricultura, Pecuária e Abastecimento do Estado de Goiás até a criação do Instituto Goiano de Defesa Agropecuária (Igap), através do Decreto nº 4.766, publicado no Diário Oficial de 07 de março de 1997 e autorizado pela Lei nº 112.973/96. Assim, a atividade de defesa agropecuária fora transferida para este Instituto que a executou até a sua extinção em 11 de novembro de 1999, através da Lei nº 13.550/99, remanescendo na Seagro apenas a atividade de política do setor agropecuário.

De 11 de novembro de 1999 até 30 de dezembro de 2003, a atividade de defesa agropecuária fora executada pela Agência Rural, através da Diretoria de Defesa Agropecuária, autarquia esta criada através da citada Lei nº 13.550/99. A partir de 30 de dezembro de 2003, com a criação da Agrodefesa, através da Lei nº 14.645, publicada no Diário Oficial de 05 de janeiro de 2004, a atividade de defesa agropecuária passou a cargo desta autarquia estadual, que a executa em todo o Estado de Goiás. A Agrodefesa foi criada sem, no entanto, haver previsão inicial dos seus cargos, tendo sido apenas transferidos para a autarquia aqueles servidores que exerciam o serviço de defesa agropecuária na Agência Rural.