Na escola de tempo integral, o estudante é visto como protagonista de sua vida, agente ativo no processo educacional e parte da solução para problemas da sociedade. Além de ser um princípio presente em todas as atividades do Cepi, o protagonismo juvenil possui um componente curricular próprio, com duas aulas por semana, que dão apoio aos clubes juvenis e grêmios estudantis da escola.