O pagamento da contribuição ao Fundeinfra deve ser efetuado nos seguintes prazos:

•    No caso de contribuinte que não possua escrituração fiscal, no momento da saída da mercadoria;
•    Nos demais casos, até o dia 20 do mês subsequente ao período de apuração.

Deve ser emitido documento de arrecadação para cada período de apuração, exceto quando o valor apurado for inferior a R$ 10, caso em que o pagamento deve ser postergado para o período de apuração subsequente.

A contribuição ao Fundeinfra é devida no regime especial de controle da exportação dos seguintes produtos: milho; soja; carne fresca, resfriada, congelada, salgada, temperada ou salmourada e miúdo comestível resultante do abate de gado bovino ou bufalino; amianto; ferroliga; minério de cobre e seus concentrados; e ouro, incluído o ouro platinado. 

É devida, também, quando do recolhimento do ICMS devido por substituição tributária pela operação anterior ocorrer no momento da saída posterior ou de forma englobada e, ainda, quando da fruição da isenção nas saídas de cana-de-açúcar, milho e soja, bovino ou bufalino, conforme art. 6º, LXXVIII e CXVI do Anexo IX do RCTE.