A AGR realiza operações rotineiras de fiscalização do transporte intermunicipal, nos terminais rodoviários do estado, em suas imediações e nas rodovias, contando com a parceria da Polícia Militar de Goiás e da Agência Nacional de Transportes Terrestres (ANTT).
Realiza também operações de maior porte com outros parceiros como Polícia Rodoviária Federal, Superintendência Regional do Trabalho e Emprego (Ministério do Trabalho e Emprego). A AGR tem a competência de impor penalidades a concessionários, permissionários ou autorizatários.
A fiscalização da AGR verifica:
a documentação da empresa, do veículo e do motorista;
as condições gerais do veículo (higiene, segurança etc);
e o cumprimento dos quadros de horários e de tarifas.