A Agência tem a competência de impor penalidades a concessionários, permissionários ou autorizatários. Realiza operações rotineiras de fiscalização do transporte intermunicipal, nos terminais rodoviários do Estado, em suas imediações e nas rodovias, contando com a parceria da Polícia Militar e da Agência Nacional de Transportes Terrestre (ANTT). Realiza também operações de maior porte com outros parceiros como Polícia Rodoviária Federal, Superintendência Regional do Trabalho e Emprego (Ministério do Trabalho e Emprego).
A fiscalização da AGR verifica:
- a documentação da empresa, do veículo e do motorista;
- as condições gerais do veículo (higiene, segurança etc);
- além do cumprimento dos quadros de horários e de tarifas.