Já no contexto da República, e após a transferência da Capital com a inauguração de Goiânia, as primeiras Secretarias de Estado do Governo de Goiás foram criadas pela Lei n° 27, de 29 de novembro de 1947. Esta lei introduziu modificações nos órgãos do Executivo e criando a Secretaria de Estado de Agricultura, Indústria e Comércio. Esta pasta possuía como objetivo executar os serviços de produção vegetal, animal e mineral, bem como as pesquisas para o seu desenvolvimento, além de lidar com assuntos relacionados ao cooperativismo e comércio exterior. A Junta Comercial do estado era Jurisdicionada a Secretaria e o primeiro titular da pasta, foi o então Deputado Estadual Plínio Abadia Gonzaga Jayme.

A lei n° 3.999 de 14 de novembro de 1961 deu nova estrutura ao sistema administrativo do estado de Goiás. Em seu artigo 6º, dividiu a Secretaria de Estado de Agricultura, Indústria e Comércio, criando uma Pasta de Agricultura e outra de Indústria e Comércio.

A Lei nº 10.160, de 09 de abril de 1987 criou o primeiro departamento específicoem comércio exterior na estrutura organizacional básica do Poder Executivo estadual: a Superintendência do Comércio Exterior, no âmbito da Secretaria de Estado de Indústria e Comércio.

A Lei nº 12.603, de 07 de abril de 1995 modificou a estrutura administrativa estadual e transformou a Secretaria de Estado de Indústria e Comércio em Secretaria de Estado de Indústria, Comércio e Turismo.

Com a publicação da Lei nº 13.456, de 16 de abril de 1999, o nome da pasta voltou a ser Secretaria de Indústria e Comércio.

A Lei nº 17.257, de 25 de janeiro de 2011 criou a Secretaria de Desenvolvimento Econômico, Científico e Tecnológico e de Agricultura, Pecuária e Irrigação – SED, juntando as pastas de Ciência e Tecnologia; Agricultura, Pecuária e Irrigação; e de Indústria e Comércio.

A Lei nº 20.417, de 06 de fevereiro de 2019 cindiu a Secretaria de Desenvolvimento Econômico, Científico e Tecnológico e de Agricultura, Pecuária e Irrigação – SED em três pastas: Indústria e Comércio; Desenvolvimento e Inovação; e Agricultura, Pecuária e Abastecimento.

A Lei nº 20.491, de 25 de junho de 2019 incorporou Serviços na estrutura, passando para a denominação atual: Secretaria de Estado de Indústria, Comércio e Serviços.