O Conselho Superior é composto pelo presidente da Fapeg, Marcos Fernando Arriel, e outros 15 membros indicados:

• 2  pela Universidade Federal de Goiás – UFG:
– Angelita Pereira de Lima
– Jesiel Freitas Carvalho

• 1 pelas instituições federais de ensino superior em funcionamento no Estado, exceto a UFG:
– Lorenna Silva Oliveira Costa

• 1 pelas instituições federais com ações em pesquisa, desenvolvimento e inovação em funcionamento no Estado:
– Alcido Elenor Wander

• 2 pela Universidade Estadual de Goiás – UEG:
– Everton Tizo Pedroso
– Cláudio Roberto Stacheira

• 1 pelas instituições estaduais com ações em pesquisa, desenvolvimento e inovação, em funcionamento no Estado:
– Erik Alencar de Figueiredo (IMB)

• 1 pelas instituições do sistema estadual de educação superior em Goiás, exceto a UEG:
– Carlos César Evangelista de Menezes (UNIRV)

• 1 pela Pontifícia Universidade Católica de Goiás (PUC-Goiás), antiga UCG:
– Priscila Valverde de Oliveira Vitorino

• 1 pelas instituições de ensino superior de direito privado, em funcionamento no Estado, exceto a UCG:
– Sandro Dutra e Silva

• 2 pelo setor empresarial privado com ações em pesquisa, desenvolvimento e inovação, em funcionamento no Estado:
– Edson Alves Novaes – FAEG
– Rolando Vargas Vallejos – FIEG

• 1 pela Secretaria de Estado de Ciência, Tecnologia e Inovação (SECTI):
– Robert Bonifácio da Silva

• 2 de livre escolha e nomeados pelo Governador do Estado:
– Adriano da Rocha Lima – Livre indicação do governador
– Robson Domingos Vieira – Livre indicação do governador.