O Conselho Superior é composto pelo presidente da Fapeg, Marcos Fernando Arriel, e outros 20 membros indicados:

• 2  pela Universidade Federal de Goiás – UFG:
– Angelita Pereira de Lima
– Camila Cardoso Caixeta

• 1 pela Universidade Federal de Jataí – UFJ;
– Christiano Peres Coelho

• 1 pela Universidade Federal de Catalão – UFCat;
– Roselma Lucchese

• 1 pelo Instituto Federal Goiano – IFGOIANO;
– Alan Carlos da Costa

• 1 pelo Instituto Federal de Goiás – IFG;
– Oneida Cristina Gomes Barcelos Irigon

• 2 pela Universidade Estadual de Goiás – UEG;
– Claudio Roberto Stacheira
– Everton Tizo Pedroso

• 1 pela Pontifícia Universidade Católica de Goiás (PUC-Goiás), antiga UCG:
– Priscila Valverde de Oliveira Vitorino

• 1 pelas instituições estaduais com ações em pesquisa, desenvolvimento e inovação, em funcionamento no Estado de Goiás;
– Erik Alencar de Figueiredo – IMB

• 1 pelas instituições federais com ações em pesquisa, desenvolvimento e inovação, em funcionamento no Estado de Goiás;
– Adriano Stephan Nascente

• 1 pelas instituições do sistema estadual de educação superior em Goiás, exceto a UEG;
– Carlos César Evangelista de Menezes – UNIRV

• 1 pela Pontifícia Universidade Católica de Goiás – PUC Goiás;
– Thais Alves Marinho

• 1 pela Universidade Evangélica de Goiás – UniEvangélica;
– Lucas Danilo Dias

• 1 pelo setor empresarial privado com ações em pesquisa, desenvolvimento e inovação, em funcionamento no Estado;
– Claudemir José Bonatto – SESI/SENAI

• 2 pela Secretaria de Estado de Ciência, Tecnologia e Inovação;
– Raphael dos Santos Veloso Martins
– Robert Bonifácio da Silva

• 3 de livre escolha e nomeados pelo Governador do Estado:
– Adriano da Rocha Lima – Livre indicação do governador

– Pedro Henrique Lemes Camilo – FAEG/SENAR
– Robson Domingos Vieira – Livre indicação do governador.