No momento da instalação, a versão 2.0 do sistema emissor de NF-e, reinicia a numeração. Para manter a conformidade com a legislação a numeração NÃO DEVE SER REINICIADA. O número da NF-e, pode ser alterado no programa emissor, e deve ser alterado para o primeiro número subsequênte da última nota fiscal eletrônica emitida na versão antiga. Por exemplo, se na versão antiga o último número emitido foi 100, na nova versão deverá ser digitado o número 101 no campo número da nota fiscal. A partir de então não são necessárias modificações para emissão da NF-e, que irá continuar sua sequência.

As notas fiscais da versão 1.4, não podem ser importadas para a nova versão, que irá conter apenas as notas da versão 2.0.
Estas notas podem ser arquivadas com backup, ou com a exportação dos arquivos pelo programa emissor.

Os demais dados dos programa emissor (clientes, produtos e transportadores) podem ser exportados da versão anterior (1.4) e importados na versão 2.0.