O Fundeinfra possui natureza orçamentária própria, bem como autonomia administrativa, contábil e financeira, para a captação de recursos destinados ao desenvolvimento econômico do Estado de Goiás, sem prejuízo das dotações consignadas em outros fundos e entidades com a mesma finalidade.
O fundo foi criado para gerir os recursos oriundos da produção agrícola, pecuária e mineral no Estado de Goiás e se destina a implementar, em âmbito estadual, políticas e ações administrativas de infraestrutura agropecuária, dos modais de transporte, recuperação, manutenção, conservação, pavimentação e implantação de rodovias, sinalização, artes especiais, pontes, bueiros, edificação e operacionalização de aeródromos.