O Conselho Superior é composto pelo presidente da Fapeg, Robson Domingos Vieira e outros 15 (quinze) membros indicados:

• 02 (dois) pela Universidade Federal de Goiás – UFG:
– Laerte Guimarães Ferreira Júnior –  Pró-reitor de Pós-Graduação.
– Jesiel Freitas Carvalho –  Pró-Reitor de Pesquisa e Inovação

• 01 (um) pelas instituições federais de ensino superior em funcionamento no Estado, exceto a UFG:
– Thais Amaral e Sousa

• 01 (um) pelas instituições federais com ações em pesquisa, desenvolvimento e inovação em funcionamento no Estado:
– Alcido Elenor Wander.

• 02 (dois) pela Universidade Estadual de Goiás – UEG:
– Everton Tizo Pedroso
– Joelma Abadia Marciano de Paula

• 01 (um) pelas instituições estaduais com ações em pesquisa, desenvolvimento e inovação, em funcionamento no Estado:
– Pedro Leonardo de Paula Rezende

• 01 (um) pelas instituições do sistema estadual de educação superior em Goiás, exceto a UEG:
– Takeshi Kamada – Universidade de Rio Verde/UniRV.

• 01 (um) pela Pontifícia Universidade Católica de Goiás (PUC Goiás), antiga UCG;
– Priscila Valverde de Oliveira Vitorino.

• 01 (um) pelas instituições de ensino superior de direito privado, em funcionamento no Estado, exceto a UCG:
– Sandro Dutra e Silva.

• 02 (dois) pelo setor empresarial privado com ações em pesquisa, desenvolvimento e inovação, em funcionamento no Estado:
– Edson Alves Novaes – FAEG;
– Thais Aparecida Santos – FIEG.

• 01 (um) pela Secretaria de Estado de Desenvolvimento e Inovação (SEDI), antiga Secretaria de Estado de Ciência e Tecnologia (Sectec):
– Everton Chaves Correia

• 02 (dois) de livre escolha e nomeados pelo Governador do Estado:
– Márcio César Pereira – Livre indicação do governador;
– Marcos Ávila – Livre indicação do governador.