A Superintendência Central de Controle Interno – SCI é a área da CGE responsável por orientar o gestor público quanto à regular aplicação dos recursos públicos, assim como o apoio ao controle externo no exercício de sua missão institucional.
O requisito constitucional do Artigo 29 da Constituição do Estado de Goiás determina a manutenção de um sistema de controle interno cujas atribuições previstas são desempenhadas precipuamente por esta Superintendência, dentre as principais atribuições enumeram-se:

1. acompanhamento e fiscalização, prévia e contínua, dos processos de execução orçamentária, financeira, contábil ou patrimonial;
2. prospecção de inconsistências dos processos administrativos de modo a programar e executar auditorias;
3. apuração de desvios de valores e de más práticas administrativas que resultem em prejuízo ao erário;
4. verificação da regularidade dos processos de licitação pública;
5. avaliação de atividades, projetos, programas e políticas de órgãos e entidades governamentais quanto aos aspectos de economicidade, eficiência, eficácia, efetividade e outros critérios orientados para o resultado da gestão pública, bem como o apoio ao controle externo no exercício de sua missão institucional.

Modernização e agilidade são aspectos perseguidos pela área no intuito de otimizar as análises de despesas. Para tanto foi desenvolvido um sistema de controle que proporcionasse o desenvolvimento de trilhas de auditoria e o monitoramento eletrônico dos processos. Importa ressaltar, contudo, que o empenho na melhoria desses processos não afasta a importância de análises concomitantes da despesa que têm a função de mitigar a realização de despesas irregulares e evitar prejuízos ao erário.
Quanto à estrutura organizacional, a SCI conta atualmente com quatro supervisões de assessoramento diretamente vinculadas à Superintendência e quatro gerências de auditoria definidas por áreas temáticas que se conformam às principais frentes da gestão estadual, sendo que as gerências desdobram–se em Unidades de Controle Interno – UCIs, que desempenham a fiscalização in loco nas entidades administrativas:

A Superintendência possui as seguintes gerências:

1. Gerência de  Monitoramento
2. Gerência de Auditoria de Infraestrutura
3. Gerência de Auditoria de Pessoal e Tomada de Contas Especiais
4. Gerência de Auditoria Governamental